Một số phản ứng bất lợi của việc dùng mercaptopurine có thể bao gồm tiêu chảy, buồn nôn, nôn, chán ăn, mệt mỏi, đau bụng / bụng, yếu, da [nổi mẩn đỏ], sẫm màu da, và rụng tóc. Phản ứng bất lợi nghiêm trọng bao gồm lở loét miệng, sốt, đau họng, dễ bầm tím hoặc chảy máu, xác định các đốm đỏ trên da, vàng mắt hoặc da, tối nước tiểu và đi tiểu đau hoặc khó . Các tác dụng phụ nghiêm trọng khác bao gồm đen hoặc hắc ín phân melena), phân đẫm máu, và đẫm máu nước tiểu.

Các triệu chứng của phản ứng dị ứng với mercaptopurine bao gồm phát ban, ngứa, sưng, chóng mặt, rối loạn thở và [[viêm tụy] tuyến tụy]].

Trong một số trường hợp, mercaptopurine có thể ức chế sự sản xuất tế bào máu, cả bạch cầu và hồng cầu. Nó có thể gây độc cho tủy xương. Số lượng máu hàng quý là cần thiết cho những người trên mercaptopurine. Mọi người nên ngưng dùng thuốc ít nhất là tạm thời trong khi cân nhắc việc điều trị thay thế nếu có số lượng bạch cầu lớn bất thường không giải thích được, hoặc bất kỳ số lượng máu nào khác.

Độc tính của mercaptopurine có thể được liên kết với đa hình di truyền trong thiopurine S-methyltransferase (TPMT), nudix hydrolase 15(NUDT15),[8][9] và inosine triphosphate pyrophosphatase (ITPA). Những người có biến thể alen cụ thể sẽ yêu cầu điều chỉnh liều, đặc biệt là đối với những người có kiểu gen đồng hợp tử. Sự khác biệt lớn về TPMT và NUDT15 giữa các dân tộc về tần số alen biến thể cần được xem xét trong thực hành lâm sàng.[10] Người da trắng với một alen biến thể của gen ITPA, có tỷ lệ giảm bạch cầu do sốt cao hơn so với những người thuộc các nhóm dân tộc khác, do sự khác biệt về tần số alen trong dân tộc.[11]